قام الاتحاد بالتعاون مع شركة النخبة للاستشارات الإدارية بمبادرة هامة نحو التطوير المؤسسي ورفع القدرات لرفع الكفاءة وضمان الاستمرارية، ونتج عن هذه المبادرة إعادة بناء الهيكلية التنظيمية والوظيفية للاتحاد وبناء نظام إداري ونظام مالي متكامل يغطي جميع جوانب العمل ويرسخ المفاهيم الإدارية لدى إدارة الاتحاد. حيث كان لتطبيق هذا النظام الأثر الكبير في تحسين أداء العمليات الإدارية والمالية والمؤسسة ككل.